חידות סודוקו מגיעות ברמות קושי שונות, מקלה ועד מאתגרת ביותר.
רמת הקושי נקבעת על ידי מספר גורמים:
1. מספר הרמזים הנתונים - חידות קלות כוללות 30-35 נתונים, חידות קשות עשויות לכלול רק 17-20.
2. טכניקות פתרון נדרשות - חידות קלות דורשות רק היגיון בסיסי, בעוד חידות קשות דורשות טכניקות מתקדמות.
3. פיזור הרמזים - רמזים מפוזרים היטב הופכים חידות לקלות יותר.
4. מורכבות הנתיב הלוגי - חידות קשות עשויות לדרוש מבט רבה שלבים קדימה.
רמות הקושי הנפוצות הן: קל, בינוני, קשה, מומחה/מרושע.
ככל שתתקדמו, תלמדו טכניקות שהופכות חידות קשות יותר לפתירות.
לחידה קלה זו יש הרבה מספרים נתונים. אפשר לפתור אותה עם טכניקות בסיסיות כמו ספרה אחרונה חסרה ו-Naked Single.
לחידה קשה זו יש הרבה פחות רמזים. תצטרכו טכניקות מתקדמות כמו X-Wing או שרשרות כדי לפתור אותה.