קופסאות הן האזורים בגודל 3×3 שהופכים את הסודוקו לייחודי בין חידות ההיגיון.
קופסה (נקראת גם בלוק או אזור) היא חלק בגודל 3×3 של טבלת הסודוקו.
יש סה"כ 9 קופסאות, המסודרות בתבנית 3×3.
כל קופסה מכילה 9 תאים וחייבת להכיל את כל הספרות 1-9 כשהיא מושלמת.
לקופסאות יש לרוב גבולות עבים יותר כדי להבדיל אותן חזותית.
אילוץ הקופסה הוא מה שמבדיל סודוקו מחידות דומות.
הקופסאות ממוספרות 1-9, בדרך כלל משמאל לימין, מלמעלה למטה.
קופסה 1 תופסת את הפינה השמאלית העליונה. היא מכילה תאים משורות 0-2 ועמודות 0-2.
קופסה 5 נמצאת במרכז הטבלה. היא מתקשרת עם כל הקופסאות שמסביבה, מה שהופך אותה לחשובה אסטרטגית.